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PCR反应体系的优化

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核心提示:7. 5' 和3' RACE cDNA末端快速扩增,Rapid Ampliphication of cDNA Ends)是一种获得转录本5'或3'未知序列的

核心提示:一、增加反应体系的灵敏度:1. 分离高质量RNA: 成功的cDNA合成来自高质量的RNA。高质量的RNA至少应保证全长并且不含

  1. 5' 和3' RACE cDNA末端快速扩增,Rapid Ampliphication of cDNA Ends)是一种获得转录本5'或3'未知序列的方法。不象普通RT-PCR那样使用两个序列特异性的引物,RACE使用一个序列特异性的引物和或者mRNA的poly尾或者加到cDNA末端的多聚同聚体。RACE已经被用于扩增和克隆稀有mRNA。RACE的产物可以用来克隆,直接测序,制备探针或连接在一起得到全长cDNA。其中一个连接5' 和3' RACE产物的方法是使用由5' 及3' RACE得到的序列信息设计新的引物,以扩增全长的cDNA。使用RNaseH-的逆转录酶和高保真的热稳定聚合酶可以对较长的序列进行高保真的扩增,从而得到全长cDNA克隆。

一、增加反应体系的灵敏度:

5' RACE步骤概要 :第一链引物,GSP1,同mRNA退火;使用SuperScriptⅡ将mRNA转录成cDNA ;使用RNase混合物降解RNA ;使用GlassMAX? Spin Cartridge纯化cDNA ;使用dCTP和TdT对纯化的cDNA加尾 ;使用简并的锚定引物和巢式GSP2 PCR扩增带有dC尾的cDNA ;使用AUAP,UAP和巢式GSP重新扩增初步PCR产物。5' RACE比RT-PCR更具有挑战性,特异性也较低,因为只有一个引物是基因特异性的。5' RACE的产物可能是单一产物、多个产物,甚至是不能分辨的连续条带。结果的质量取决于用来合成第一链和扩增的GSP的特异性、扩增所使用锚定引物的特异性、目的mRNA的复杂度和丰度及产物的长度。使用巢式引物扩增(最多可以三轮巢式扩增),并在连续几轮扩增中使用长度选择性的扩增产物作为模板可以增加 5' RACE的特异性。增加逆转录保温温度和PCR退火温度,并降低扩增反应中的镁离子浓度可以促进特异性。 5' RACE的灵敏度受所使用的逆转录酶和cDNA 3' 末端抑制cDNA加尾的二级结构影响。cDNA的不完全合成降低了全长产物的产量,并导致某些模板产生连续条带。因为 SuperScriptⅡ产生更多的全长cDNA,所以可以提高5' 末端序列检测的水平,尤其是对于小于1kb的转录本。双链3' 末端和发卡结构会通过减少用于加尾的3' 羟基而破坏cDNA的加尾。cDNA的起始保温温度在94℃并随后在冰上冷却有助于破坏二级结构。一些困难模板可能需要加入DMSO辅助加尾。加尾酶末端脱氧核苷转移酶可以耐受最多20%的DMSO。在45℃使用SuperScriptⅡ从5μg Hela总RNA合成cDNA。10μl纯化的cDNA在10%DMSO中加尾。使用人tuberous scleosis的引物和ELONGASE? Enzyme Mix(初步PCR 2.8kb;泳道1)对1μl加尾反应产物直接扩增40个循环。在2.8kb条带周边移取10μl的凝胶。使用1μl限定大小的PCR产物进行巢式 PCR(巢式PCR 2.7kb;泳道2)。凝胶使用SYBR? GreenⅠ染色。巢式PCR后如果看不到产物或仅观察到连续条带,可以使用Southern印迹检测产物。这需要了解序列内部信息以制备探针。仅扩增全长cDNA末端的高级RACE方法, j$ x) s7 c0 z6 X% ^为了获得全长的cDNA 5'及3'末端序列,许多研究人员使用称之为cDNA末端快速扩增,或RACE的方法。传统的RACE方法得到的PCR产物含有全长及断裂的cDNA产物。GeneRacerTM试剂盒确保只得到含有全长cDNA末端的完整序列,使您得到更高效的结果并节省时间。

  1. 分离高质量RNA:

GeneRacer?的优点 :确定一个基因的全长序列对于研究异源转录起始和得到用于蛋白表达的开放阅读框至关重要。GeneRacer?是一种高级RACE技术,提高了扩增全长cDNA末端序列的效率。使用GeneRacerTM试剂盒,可以得到 :完整序列 :克隆基因片段的全长5'和3'末端以构建完整的cDNA序列;灵敏 :得到每个细胞中拷贝数低至30的稀有转录本的全长5'和3'末端;长度 :可以由转录本得到长度至少为9kb的cDNA ;仅通过一轮PCR反应就可以得到这些结果。一般不需进行巢式PCR。

成功的cDNA合成来自高质量的RNA。高质量的RNA至少应保证全长并且不含逆转录酶的抑制剂,如EDTA或SDS。RNA的质量决定了你能够转录到 cDNA上的序列信息量的最大值。一般的RNA纯化方法是使用异硫氰酸胍/酸性酚的一步法。为了防止痕量RNase的污染,从富含RNase的样品中分离到的RNA需要贮存在甲醛中以保存高质量的RNA,对于长期贮存更是如此。从大鼠肝脏中提取的RNA,在水中贮存一个星期就基本降解了,而从大鼠脾脏中提取的RNA,在水中保存3年仍保持稳定。另外,长度大于4kb的转录本对于痕量RNase的降解比小转录本更敏感。为了增加贮存RNA样品的稳定性,可以将RNA溶解在去离子的甲酰胺中,存于-70℃。用于保存RNA的甲酰胺一定不能含有降解RNA的杂物。来源于胰脏的RNA至少可以在甲酰胺中保存一年。当准备使用RNA时,可以使用下列方法沉淀RNA:加入NaCl至0.2M及4倍体积的乙醇,室温放置3-5分钟,10,000×g离心5分钟。

全长5'末端选择 传统的RACE会得到多个PCR结果,因为其所使用的cDNA来源于断裂及全长mRNA。研究人员必须鉴定每一个 PCR 产物以获得带有全长5′末端序列的产物。GeneRacer? 只针对全长的5′加帽mRNA,从而节省了花费在筛选大量PCR产物上的时间。RNA样品经CIP和TAP处理,保证GeneRacer? 寡聚RNA仅同全长转录本连接。然后使用SuperScriptⅡ逆转录酶对这些转录本逆转录,得到的cDNA做为PCR的模板。GeneRacer? 寡聚RNA序列做为GeneRacerTM 5′引物结合位点,这样,只有具有全长5′末端的cDNA才会被扩增。使用GeneRacer? 步骤及高保真度Platinum? Taq DNA聚合酶,就可以确保得到最高效的实验结果。

  1. 使用无RNaseH活性的逆转录酶:

3.5mg Hela总RNA经GeneRacer?步骤处理,利用GeneRacer?的Oligo dT引物和SuperScriptⅡ?得到cDNA,然后使用GeneRacerTM 5′引物和基因特异性的引物PCR扩增。基因经过30-35个循环的一轮PCR扩增。50ml PCR扩增产物中的15ml在1.2%E-Gel? 琼脂糖凝胶电泳检测,在紫外光下观察。泳道1: HPRT(次黄嘌呤磷酸核糖转移酶),1.3kb,30拷贝/细胞 泳道2: SMAP(胸腺激素受体共激活蛋白),3.1kb 泳道3: Cleavage and polyadenylation specificity factor,4.5kb泳道4: TFRC,5.0kb 泳道5: IGFⅡR(类胰岛素生长因子Ⅱ受体),9kb,5′末端GC含量90%

在逆转录反应中经常加入RNase抑制剂以增加cDNA合成的长度和产量。RNase抑制剂要在第一链合成反应中,在缓冲液和还原剂存在的条件下加入,因为cDNA合成前的过程会使抑制剂变性,从而释放结合的可以降解RNA的RNase。蛋白RNase抑制剂仅防止RNase A,B,C对RNA的降解,并不能防止皮肤上的RNase,因此尽管使用了这些抑制剂,也要小心不要从手指上引入RNase。

敏感性和扩增长度 为了说明GeneRacer?试剂盒获取全长5′末端的能力,我们扩增了带有已知转录起始位点的基因的5′末端。使用总RNA,遵循GeneRacer?步骤,我们扩增了一个长转录本和一个浓度为0.01%,即30拷贝/细胞的稀有mRNA。

逆转录酶催化RNA转化成cDNA。不管是M-MLV还是AMV,在本身的聚合酶活性之外,都具有内源RNaseH活性。RNaseH活性同聚合酶活性相互竞争RNA模板与DNA引物或cDNA延伸链间形成的杂合链,并降解RNA:DNA复合物中的RNA链。被RNaseH活性所降解的RNA模板不能再作为合成cDNA的有效底物,降低了cDNA合成的产量和长度。因此消除或大大降低逆转录酶的RNaseH活性将会大有裨益。

长度超过GenBank序列 除了可以获得已知转录起始位点基因的全长5′末端,GeneRacer?还可以获得未知转录起始位点基因的5′末端。将GeneRacer?所得到的序列同 GenBank列出的mRNA序列相比较,GenBank的序列一般来源于使用传统方法构建的文库中的cDNA,这导致末端核苷酸的缺失。从表4可以明显看出,使用GeneRacer?得到的5′cDNA末端要比GenBank中列出的序列长16到116碱基。

SuperScriptⅡ逆转录酶,RNaseH- 的MMLV逆转录酶及ThermoScript逆转录酶,RNaseH- 的 AMV,比MMLV和AMV得到更多量和更多全长的cDNA。RT-PCR灵敏度会受cDNA合成量的影响。ThermoScript比AMV的灵敏性强得多。RT-PCR产物的大小受限于逆转录酶合成cDNA的能力,尤其是克隆较大的cDNA时。同MMLV相比,SuperScripⅡ显著提高了长 RT-PCR产物的产量。RNaseH- 的逆转录酶同时增加了热稳定性,所以反应可以在高于正常的37-42℃的温度下进行。在建议的合成条件下,使用oligo引物和10μCi的 [α-P]dCTP。第一链的总产量使用TCA沉淀法计算。全长cDNA使用在碱性琼脂糖胶上将大小分类的条带切除并计数的方法分析。

Gene GenBank Number Size GeneRacer? Sequence Beyond GenBank Heterogeneous nuclear ribonuclear protein complex K protein S74678 2.3 +62 Subunit for coatomer complex X70476 3.1 +38 Muscle phosphofructokinase M26066 2.8 +16 ADP-ribosylation factor 4 M36341.1 1.5 +116 Isoleucil-tRNA synthetase U04953 4.5 +49 Putative tumor suppressor U23946.1 2.6 +81 Thyroid hormone receptor coactivating protein NM_006696.1 3.1 +52 BCleavage and polyadenylation specificity factor U37012.1 4.5 +57Human insulin-like growth factor 2 receptor NM000876 9.0 +44

  1. 提高逆转录保温温度:

列出的基因使用GeneRacer?步骤扩增。PCR产物使用S.N.A.P.凝胶回收柱回收并克隆至pCR?4-TOPO?载体(Invitrogen)。对每一个基因都随机挑选了12个克隆并测序。序列同GenBank数据库中的序列相比较,确定5′末端超出的序列。使用每个基因所获得的最长序列比较统计超出GenBank序列第一个碱基的超出碱基的数目。

较高的保温温度有助于RNA二级结构的打开,增加了反应的产量。对于多数RNA模板,在没有缓冲液或盐的条件下,将RNA和引物在65℃保温,然后迅速置于冰上冷却,可以消除大多数二级结构,从而使引物可以结合。然而某些模板仍然会存在二级结构,即使热变性后也是如此。对这些困难模板的扩增可以使用 ThermoScript逆转录酶,并将逆转录反应置于较高温度下进行以改善扩增。较高的保温温度也可以增加特异性,尤其是当使用基因特异性引物进行cDNA合成时。如果使用GSP,确保引物的Tm值与预计的保温温度相同。不要在高于60℃时使用oligo和随机引物。随机引物需要在增加到60℃前在25℃保温10分钟。除了使用较高的逆转录温度外,还可以通过直接将RNA/引物混合物从65℃变性温度转到逆转录保温温度,并加入预热的2×的反应混合物提高特异性(cDNA热启动合成)。这种方法有助于防止较低温度时所发生的分子间碱基配对。使用PCR仪可以简化 RT-PCR所需的多种温度切换。

获得全长的cDNA序列 GeneRacer?试剂盒确保您成功获得mRNA转录本的全长5′和3′序列。每个GeneRacer?试剂盒中包含CIP、TAP、RNA连接酶、SuperScriptⅡ? 逆转录酶等酶类及其缓冲液,GeneRacer?寡聚RNA,GeneRacer? Oligo dT引物,GeneRacer? PCR引物及RNase抑制剂。同时试剂盒中还包括S.N.A.P.凝胶纯化柱以纯化PCR产物,还有TOPO Cloning? 试剂盒以进行下游测序。使用GeneRacerTM 试剂盒,您可以高效地得到全长的cDNA 5′和3′末端序列,而不必浪费时间筛选部分缺失或断裂的序列。

Tth热稳定聚合酶在Mg2+存在条件下作为DNA聚合酶,在Mn2+存在条件下作为RNA聚合酶。它可以在最高65℃条件下保温。然而,PCR过程中Mn2+的存在会降低忠实性,这使得Tth 聚合酶不太适合用于高精确度的扩增,如cDNA的克隆。另外,Tth的逆转录效率较低,这会降低灵敏度,而且,既然单个酶就可以进行逆转录和PCR,那么没有逆转录的对照反应就不能用来将cDNA的扩增产物同污染的基因组DNA的扩增产物区分开来。

  1. mRNA表达定量 mRNA 表达定量是一种挑战性的RT-PCR,但是提供了超越传统RNA分析方法的优点。RT-PCR比Northern印迹或核酸酶保护分析更灵敏,需要的 RNA量及序列信息较少。但是RT-PCR涉及两个酶反应,这会导致RT-PCR产物量的波动。RNA转化成cDNA的量会影响产量,但定量PCR的主要困难是PCR的指数增长的特点,样品间很小的差异会被转化成产物产量间很大的差异。两个常用的mRNA丰度定量方法是竞争性定量PCR和实时PCR。 在竞争性PCR中,逆转录之前加入一个外源的RNA转录本作为样品间差异的对照。内部标准RNA被逆转录并同目的模板一起扩增,作为 cDNA转化和扩增效率差异的对照。通过将特异性的目的序列同已知浓度的内部标准RNA一起扩增进行定量。通过比较由内部标准获得的信号和目的模板所获得的信号可以确定目的模板的丰度。 内部标准RNA同目的模板有同样的引物识别位点。有几种现行的方法可以得到内部标准。最简单的方法是使用PCR在非特异性的spacerDNA上建立引物识别位点。产物可以克隆至带有T7或SP6 RNA聚合酶启动子的载体上,或者将RNA启动子序列加到正向引物,从而可以通过PCR构建序列。然后可以通过体外转录得到RNA标准。竞争性定量PCR 可以使用GSP在一步法RT-PCR中进行,或使用GSP或oligo在两步法RT-PCR中进行。可以向反向引物中加入poly序列得到oligo序列。 竞争性RT-PCR是一种终点分析法,需要目的模板和内部标准的扩增效率相同。需要预先了解起始目的模板的部分信息以建立内部标准的浓度范围。为了精确定量,需要进行内部标准比目的模板多及少的反应。 实时RT-PCR是非竞争性的,在产物形成的同时就进行了检测。几种探针可以用于产物量的分析,如荧光标记的5'核酸酶探针和Molecular Beacon。第一种方法基于Taq DNA聚合酶的5'核酸酶活性,其可以切除延伸过程中在分支点的杂交探针。分析使用两种荧光标记的探针,一种染料作为报告基团,另外一种在探针被切除时淬灭信号。 Molecular Beacon包含一个5' flurophore和3' quencher。这些探针设计有一个带有荧光的发卡结构和紧邻的quencher以淬灭荧光。主干结构包括5到7个核苷且富含GC。外层环状结构包含15到30个核苷且同把序列互补。当存在靶序列时,molecular beacon同靶序列结合,发卡结构松散开,从而产生荧光。 对于两种探针,使用与光激发检测装置耦联的PCR仪,在PCR的每个循环实时检测荧光。发出的荧光的量同PCR产物的量成正比。当释放的荧光的量超出了一个制定的荧光基线,这个循环称为阈循环或CT。CT同起始目的模板的量成反比。因此,高拷贝数的样品会有一个低的CT值,而低拷贝数对应高CT值。 使用Platinum? Quantitative RT-PCR ThermoScript? One-Step System(在60℃进行cDNA合成)对Hela总RNA的相同两份样品进行PCR。在ABI Prism? 7700上使用FAM标记的Molecular Beacon探针进行检测。A组. PCR期间两份样品的相对荧光密度。B组. 标准曲线。 为了对mRNA进行绝对定量,可以使用体外转录RNA得到标准曲线。通过不同浓度的体外转录RNA可以确定CT值。然后CT值可以同RNA浓度作图得到标准曲线,以定量未知样品的表达水平。 实时RT-PCR提供了超越竞争性RT-PCR的优点。通过对大范围目的模板浓度进行线性剂量响应,荧光监测高度灵敏,高度精确。样品不需要进行扩增后分析,仅需要预先知道很少的目的模板的丰度信息。可以使用两步法RT-PCR对一个RNA样品中的多个mRNA定量,在处理大量样品时,为了方便,可以使用一步法。

  2. 脱颖而出的定量RT-PCR Platinum? Quantitative RT-PCR ThermoScript? One-Step系统整合了最好的逆转录和PCR技术,提供了全方位的高品质。其产量、特异性和灵敏度都卓尔不群。您会得到mRNA最精确的实时定量。 如您所需 ,怎样做才能得到最好的定量RT-PCR结果?把实时定量的逆转录和PCR的领先技术结合一起就可以了。使用了Platinum? Quantitative RT-PCR ThermoScript? One-Step系统,您就拥有了两种高品质的酶,ThermoScript?逆转录酶和Platinum? Taq DNA聚合酶,以预先混合的方式,为精确可靠的扩增反应而优化。

  1. 促进逆转录的添加剂:

高效的cDNA合成 ThermoScript?逆转录酶,一种克隆的鸟类RNase H-逆转录酶,通过基因工程处理,可以在最高65℃进行高特异性的cDNA合成,其最适温度为50℃。因为降低了RNase H活性,ThermoScript?逆转录酶增加了全长cDNA的产量。因为其较高的热稳定性,可以克服高GC含量和RNA二级结构的障碍,在较高温度下进行高效的cDNA合成 使用ThermoScript?逆转录酶或AMV逆转录酶,根据生产厂商的建议,由10 ng 总RNA合成cDNA。将反应产物的1/10使用高保真Platinum? Taq DNA聚合酶扩增。圈出的带表示核糖体大亚基RNA 5'端含量的扩增。

包括甘油和DMSO在内的添加剂加到第一链合成反应中,可以减低核酸双链的稳定并解开RNA二级结构,最多可以加入20%的甘油或10%的DMSO而不影响SuperScriptⅡ或MMLV的活性。AMV也可以耐受最多20%的甘油而不降低活性。为了在SuperScriptⅡ逆转录反应中最大限度提高RT-PCR的灵敏度,可以加入10%的甘油并在45℃保温。如果1/10的逆转录反应产物加入到PCR中,那甘油在扩增反应中的浓度为0.4%,这不足以抑制PCR。

高产量和特异性 在ThermoScript?逆转录酶后,您会用到Platinum? Taq DNA聚合酶,其在PCR一步中提供了抗体介导的自动热启动功能。这项技术明显减少了错误配对和非特异性扩增,在高特异性的同时提供了高产量。cDNA合成和扩增的优异结果一起成为成功qRT-PCR的基础。 对Taq DNA聚合酶和Platinum? Taq DNA聚合酶的活性分析在37℃进行5个小时。

  1. RNaseH处理:

一步得到高灵敏度 Platinum? Quantitative RT-PCR ThermoScript? One-Step系统提供的步骤可以高灵敏度地检测起始物质。仅需在反应混合物中加入总RNA或poly+,基因特异性逆转录和扩增引物及荧光探针,然后就可以开始实验了。您可以精确定量到最低10个目的RNA分子或从1pg总RNA。除了高特异性外,一步法步骤减少了反应变量,降低了污染可能性,适合高通量应用。 β-actin mRNA的定量。使用Platinum? Quantitative RT-PCR ThermoScript? One-Step系统扩增六份不同量的Hela总RNA,然后在ABI PRISM? 7700上,使用6-FAM标记的TaqMan?探针检测。使用了TAMRA做为报告信号均一化的被动参考。

在PCR之前使用RNaseH处理cDNA合成反应可以提高灵敏度。对于某些模板,据认为cDNA合成反应中的RNA会阻止扩增产物的结合,在这种情况下,RNaseH处理可以增加灵敏度。一般当扩增较长的全长cDNA目标模板时,RNaseH处理是必需的,比如低拷贝的tuberous scherosisⅡ。对这种困难模板,RNaseH的处理加强了SuperScriptⅡ或AMV合成的cDNA所产生的信号。对于多数RT-PCR反应,RNaseH处理是可选的,因为95℃保温的PCR变性步骤一般会将RNA:DNA复合物中的RNA水解掉。

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  1. 小量RNA检测方法的提高:

RT-PCR的应用RT-PCR的应用

当仅有小量RNA时,RT-PCR尤其具有挑战性。在RNA分离过程中加入的作为载体的糖元有助于增加小量样品的产量。可以在加入Trizol的同时加入无RNase的糖元。糖元是水溶性的,可以同RNA保持在水相中以辅助随后的沉淀。对于小于50mg的组织或106个培养细胞的样品,无RNase糖元的建议浓度为250μg/ml。

在使用SuperScriptⅡ的逆转录反应中加入乙酰化BSA可以增加灵敏度,而且对于小量RNA,减少SuperScriptⅡ的量并加入40单位的 RnaseOut核酸酶抑制剂可以提高检测的水平。如果在RNA分离过程中使用了糖元,仍然建议在使用SuperScriptⅡ进行逆转录反应时加入 BSA或RNase抑制剂。

二、增加RT-PCR特异性

  1. CNDA合成:

第一链cDNA合成的起始可以使用三种不同的方法,各种方法的相对特异性影响了所合成cDNA的量和种类。

随机引物法是三种方法中特异性最低的。引物在整个转录本的多个位点退火,产生短的,部分长度的cDNA。这种方法经常用于获取5'末端序列及从带有二级结构区域或带有逆转录酶不能复制的终止位点的RNA模板获得cDNA。为了获得最长的cDNA,需要按经验确定每个RNA样品中引物与RNA的比例。随机引物的起始浓度范围为50到250ng每20μl反应体系。因为使用随机引物从总RNA合成的cDNA主要是核糖体RNA,所以模板一般选用 poly+RNA。

Oligo起始比随机引物特异性高。它同大多数真核细胞mRNA 3'端所发现的poly尾杂交。因为poly+RNA大概占总RNA的1%到2%,所以与使用随机引物相比,cDNA 的数量和复杂度要少得多。因为其较高的特异性,oligo一般不需要对RNA和引物的比例及poly+选择进行优化。建议每20μl反应体系使用0.5μg oligo。oligo12-18适用于多数RT-PCR。ThermoScript RT-PCR System提供了oligo20,因为其热稳定性较好,适用于较高的保温温度。

基因特异性引物对于逆转录步骤是特异性最好的引物。GSP是反义寡聚核苷,可以特异性地同RNA目的序列杂交,而不象随机引物或 oligo那样同所有RNA退火。用于设计PCR引物的规则同样适用于逆转录反应GSP的设计。GSP可以同与mRNA3'最末端退火的扩增引物序列相同,或GSP可以设计为与反向扩增引物的下游退火。对于部分扩增对象,为了成功进行RT-PCR,需要设计多于一个反义引物,因为目的RNA的二级结构可能会阻止引物结合。建议在20μl的第一链合成反应体系中使用1pmol反义GSP。

  1. 提高逆转录保温温度:

为了充分利用GSP特异性的全部优点,应该使用有较高热稳定性的逆转录酶。热稳定逆转录酶可以在较高温度保温以增加反应严谨性。比如,如果一个GSP退火温度为55℃,那么如果使用AMV或M-MLV在低严谨性的37℃进行逆转录,GSP所带有的特异性就没有完全利用。然而SuperScripⅡ和 ThermoScript可以在50℃或更高进行反应,这就会消除较低温度时产生的非特异性产物。为获得最大的特异性,可以将RNA/引物混合物直接从 65℃变性温度转移到逆转录保温温度,并加入预热的2×反应混合液(cDNA合成热启动)。这有助于防止低温时分子间碱基配对。使用PCR仪可以简化 RT-PCR所需的多种温度转换。

  1. 减少基因组DNA污染:

RT-PCR所遇到的一个潜在的困难是RNA中沾染的基因组DNA。使用较好的RNA分离方法,如Trizol Reagent,会减少RNA制备物中沾染的基因组DNA。为了避免产生于基因组DNA的产物,可以在逆转录之前使用扩增级的DNaseⅠ对RNA进行处理以除去沾染的DNA。将样品在2.0mM EDTA中65℃保温10分钟以终止DNaseⅠ消化。EDTA可以螯合镁离子,防止高温时所发生的依赖于镁离子的RNA水解。

为了将扩增的cDNA同沾染的基因组DNA扩增产物分开,可以设计分别同分开的外显子退火的引物。来源于cDNA的PCR产物会比来源于沾染的基因组DNA 的产物短。另外对每个RNA模板进行一个无逆转录的对照实验,以确定一个给定片段是来自基因组DNA还是cDNA。在无逆转录时所得到的PCR产物来源于基因组。

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